組織変更時に手動でワークフローを切り替えることは可能ですか？

組織変更時に手動でワークフローの作成・編集や書類の設定を行って頂くことで可能です。

また、組織変更のタイミングでワークフローを自動で切り替えることができます。
その際は、事前にワークフローや書類の設定を行うことができます。
詳細は以下ページをご確認ください。
https://support.styleflow.jp/hc/ja/articles/360020296414